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La création du musée

J.-M. Jacomin, "Classe de peinture des Beaux-Arts", 1817
J.-M. Jacomin, "Classe de peinture des Beaux-Arts"|1817 - © musée Gadagne

Sous la Révolution, l'abbaye doit à sa proximité avec l'Hôtel de Ville de ne pas être vendue ou détruite. En 1792, le Conseil municipal désigne l'édifice comme lieu de conservation des tableaux, médailles, bronzes et autres monuments des arts.
Le 14 Fructidor an IX (1801), le décret Chaptal instituant des collections de Peintures dans quinze villes de France est l'acte fondateur du musée de Lyon. L'institution répond aussi à des aspirations locales, comme rappeler le prestigieux passé romain de la ville et proposer des modèles à la Fabrique de la soie alors en crise.
A partir de 1803, le Muséum du Louvre envoie 110 tableaux (P.P. Rubens, L'Adoration des Mages, Le Guerchin, La Circoncision, Ph. de Champaigne, L'Invention des reliques de saint Gervais et saint Protais).
Pendant tout le XIXe siècle, le bâtiment abrite différentes institutions. Les musées de peinture, d'épigraphie, d'archéologie et d'histoire naturelle cohabitent avec la Bourse, la Chambre de commerce, l'Ecole des Beaux-Arts, la bibliothèque de la Ville (section Arts et Sciences) et des sociétés savantes.