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En 1659, sous Louis XIV, l'abbesse Anne de Chaulnes obtient les fonds nécessaires à la construction de l'abbaye royale. Les architectes avignonnais Royers de la Valfenière conçoivent un imposant bâtiment – quatre ailes ordonnancées autour d'un cloître – dont l'architecture s'inspire de modèles italiens. Les travaux s'achèvent en 1685 sous l'abbatiat de la sœur d'Anne, Antoinette de Chaulnes.
Une trentaine de religieuses (jusqu'à 60 bénédictines en 1730, 32 à leur expulsion en 1792) vivaient sous l'autorité de l'abbesse, généralement issue de la haute noblesse. De ses appartements subsiste son oratoire privé (actuelle salle des vases grecs) aux belles colonnes de marbre rose. Au XVIIIe siècle, l'abbaye compte parmi les plus riches de France, en raison notamment des revenus tirés de la location des boutiques en rez-de-chaussée.