Ces deux œuvres passées d’un support de bois à un support de toile constituaient la partie centrale d’un polyptyque composé de quinze panneaux, exécutés entre 1495 et 1498 pour le maître-autel de la basilique des Bénédictins Saint-Pierre de Pérouse, pour une somme considérable. Elles furent saisies par l’armée française à la période révolutionnaire, avec les autres panneaux de ce retable, à l’exception de quelques scènes de la prédelle. Ensuite, elles figurèrent un court temps au muséum central des Arts, avant que le panneau principal, celui de L’Ascension, ne soit envoyé au musée de Lyon en 1811. Après les Cent jours, il fut question de restituer le tableau de Pérugin au Saint-Siège, mais le pape Pie VII en fit don à Lyon en 1816, en souvenir « des témoignages de dévotion et d’attachement à sa personne sacrée donnés par le peuple lyonnais toutes les fois qu’il est passé par cette ville ». La lunette où figure Le Père éternel entre deux anges fut pour sa part déposée dans l’église Saint-Gervais à Paris, avant de rejoindre à son tour le musée de Lyon en 1952. Les éléments de la prédelle sont aujourd’hui visibles aux musées de Rouen et du Vatican, ainsi que dans la basilique Saint-Pierre de Pérouse, alors que les deux médaillons avec les Prophètes Isaïe et Jérémie sont pour leur part conservés au musée de Nantes.

La réunion des deux panneaux lyonnais permet d’appréhender le dialogue, grâce au jeu des regards et des gestes, entre les figures de la Vierge, en partie basse, du Christ, en position intermédiaire dans la mandorle, et de Dieu le Père bénissant, en partie haute dans la lunette, le Christ opérant l’intercession entre les registres terrestre et divin, où les apôtres et saint Paul entourent la Vierge.

Natif d’Ombrie mais actif à Florence à l’époque où il peint ce retable, le Pérugin y expérimente le principe de la répartition en groupes symétriques des apôtres, aux silhouettes monumentales et gracieuses, de part et d’autre de la Vierge. Cette formule connaîtra un grand succès au XVIe siècle et sera portée à sa perfection par l’élève le plus fameux du Pérugin, Raphaël.