Le musée des Beaux-Arts de Lyon conserve dans ses collections une part importante des études préparatoires référencées pour La Mort de Jésus-Christ sur le Calvaire, l’une des compositions réalisées sur le mur sud de la nef.

Celles-ci permettent de retracer la séquence du travail de l’artiste, qui étudie chaque figure, avec des variantes. Parfois, des reprises figurent sur une même feuille. Un dessin d’ensemble au calque, mis au carreau, donné en 2019 par Pierre Bulloz, rassemble tous les personnages. Ce dessin d’ensemble est à l’origine de l’esquisse peinte, elle-même achetée en 2018 sur le marché de l’art.

Dans cette composition, le Christ apparaît avec les traits d’Hippolyte Flandrin, visibles sur l’un des dessins de la collection. Il s’agit ainsi d’un autoportrait.