Les études réalisées par Hippolyte Flandrin pour préparer le décor de Saint-Germain-des-Prés n’ont pas été conçues, dans l’esprit de l’artiste, en tant qu’œuvres à part entière et n’étaient pas destinées à être montrées au public. Celles-ci sont restées dans son atelier. Quelques-unes ont pu être offertes à des amis ou des visiteurs. Ce n’est que quelques mois après son décès, en 1864, qu’elles ont été présentées pour la première fois, lors d’une exposition organisée en son hommage à Paris, à l’école des beaux-arts. Puis une vente aux enchères, tenue à l’hôtel Drouot, en disperse ensuite une partie.

Le Palais des Beaux-Arts de Lille est le premier musée à s’intéresser à ces études : il se porte acquéreur, lors de la vente, de trois esquisses peintes, qui viennent enrichir ses collections. La veuve de l’artiste offre en remerciement six dessins.

Plusieurs études appartiennent aujourd’hui aux collections d’autres musées du réseau FRAME (FRench American Museum Exchange) : le Cleveland Museum of Art, le Los Angeles County Museum of Art, le musée Fabre de Montpellier, le musée des Beaux-Arts de Rouen.

Le Petit Palais, musée des Beaux-Arts de la Ville de Paris, détient un ensemble de dix dessins préparatoires aux compositions de la nef, ainsi que le carton de l’un des vitraux, auxquels vient s’ajouter l’achat récent de deux esquisses peintes pour le décor du côté nord du sanctuaire. Celles-ci sont des documents très précieux pour mieux comprendre le processus de travail de l’artiste.